A origem do Centro Histórico de São Thomé das Letras está ligada à imagem do santo encontrada em uma gruta o que motivou a construção da capela a partir de 1770. O tombamento estadual retificado em 1996 considerou os tombamentos estaduais do Conjunto Arquitetônico e Urbanístico da Capela de Nossa Senhora do Rosário inscritos no Livro do Tombo Arqueológico, Etnográfico e Paisagístico, Livro do Tombo Histórico, das obras de Artes Históricas e dos Documentos Paleográficos ou Bibliográficos e o tombamento estadual do Conjunto Arquitetônico e Paisagístico e Livro do Tombo as Artes Aplicadas.
Devido a um equívoco no texto do Decreto Estadual n.º 24. 328 de 22 de março de 1985 ficou tombado o Conjunto Arquitetônico e Urbanístico da Capela de Nossa Senhora do Rosário quando a intenção era tombar o Centro Histórico e Igreja Matriz de São Thomé das Letras. Somente em 24 de abril de 1996 foi homologado pelo Conselho Curador do IEPHA/MG, o tombamento do Conjunto Arquitetônico e Paisagístico do Centro Histórico de São Thomé das Letras, sendo mantido o tombamento do Conjunto da Capela de Nossa Senhora do Rosário.
O tombamento estadual do Conjunto Arquitetônico e Urbanístico da Capela de Nossa Senhora do Rosário está inscrição no Livro de Tombo n.° I, do tombo Arqueológico, Etnográfico e Paisagístico e no Livro de Tombo n.° III, do tombo Histórico, das obras de Arte Históricas e dos Documentos Paleográficos ou Bibliográficos.
O tombamento estadual do Conjunto Arquitetônico e Paisagístico do Centro Histórico de São Thomé das Letras homologado pelo Conselho Curador em 24 de abril de 1996 determinou sua inscrição no Livro I – do tombo Arqueológico, Etnográfico e Paisagístico, no Livro II do tombo de Belas Artes, no Livro III – do tombo Histórico, das Obras de Arte Históricas e dos Documentos Paleográficos ou Bibliográficos e no Livro IV – do tombo de Artes Aplicadas. O núcleo de São Thomé das Letras tem sua origem ligada ao suposto encontro da imagem de São Thomé, em uma gruta o que motivou a construção de uma capela a partir de 1770. A construção da atual Matriz foi iniciada em 1785. À frente da matriz, destaca-se a Praça Barão de Alfenas, homenagem ao Barão Gabriel Francisco da Junqueira. A Igreja Matriz de São Thomé, a Igreja de Nossa Senhora do Rosário e as edificações do Centro Histórico são construídas em pedras secas, assentadas pela sobreposição de lascas irregulares sem uso de aglomerantes, revestidas interna e externamente por massa. Também as ruas são calçadas com grandes blocos de pedras irregulares.
A partir da segunda metade do século XIX, o plantio de café tornou-se uma das principais atividades econômicas do Sul de Minas Gerais. Á essa época, São Thomé das Letras inicia a extração de pedras para suprir as cidades vizinhas, atividade favorecida principalmente com a chegada da ferrovia na região. A partir do século XX, a cidade de São Thomé das Letras passou a sediar a instituição filosófica “Eubiose”, que aliada às crenças místicas já existentes incentivou o turismo esotérico ligado à contemplação da paisagem natural local. A partir da década de 1980, as pedras de São Thomé passaram a ser exportadas para várias regiões do Brasil e do mundo.